U vremenu od 17. 3. 2020. godine do 29. 5. 2020. godine održano je 27 izvanrednih sjednica Stožera od čega je 15 održano elektronskim putem, a ostale su održane u prostorijama Vlade Županije Zapadnohercegovačke.

Županijski stožer civilne zaštite donio je prijedlog Odluke o proglašenju stanja nesreće uslijed pojave koronavirusa, a nakon što je Vlada donijela Odluku o proglašenju stanja nesreće, Stožer je od 18. ožujka bio u stalnom zasjedanju. Na sjednice Stožera su se odazivali svi članovi Stožera, a nerijetko u proširenom sastavu i načelnici gradskih/općinskih Stožera koji su bili pozivani na sjednice Stožera. Između ostalih donesene su Odluke:
- Odluka o izdvajanju sredstava za nabavu komplet metalnih kreveta;
- Odluka o izdvajanju sredstava za nabavu zaštitnih i dezinfekcijskih sredstava;
- Odluka o izdvajanju sredstava za nabavu usluga izrade plakata, panoa, marketinških i drugih usluga za potrebe Stožera;
- Odluka o izdvajanju sredstava za nabavu prehrambenih potrepština i loživog ulja za potrebe osa smještenih u karantenu;
- Odluka o izdvajanju sredstava za nabavu dezinfekcijskog sredstva dezinola.
Zasjedanja Stožera popraćena su donošenjem Zapovijedi radi suzbijanja prijenosa zarazne bolesti koronavirusa, koje su objavljivane na stranicama Uprave civilne zaštite, te priopćene javnosti putem konferencija za novinare. Izdane su 44 Zapovijedi uključujući njihove izmjene i dopune.

Ovakve vrste aktivnosti Stožera stavljene su van snage nakon što je Vlada na prijedlog Stožera proglasila prestanak stanja nesreće na području županije, te Stožer dalje od 2. lipnja zasjeda po uobičajenom redu.